实验室围绕中长期战略目标和五年发展规划拟设立3项自主研究重点课题，鼓励实验室固定人员开展创新研究，为进一步申请国家重大科研项目、形成重要科研成果打下基础。课题周期为两年，每人限报一项，不得兼项。不能与已承担的纵向、横向项目重复申请。自主研究重点课题未结题者不得参与申请。

资助额度50万元/项。课题负责人限国重正高级固定研究人员，成员需包括至少1名正高级或2名副高级国重成员，鼓励不同研究团队交叉合作、联合申报。

课题应围绕实验室三个主要研究方向，有明确的任务目标和研究计划，自主研究重点课题结题应能完成以下成果至少一项：

1）入选长江、杰青、千人、青千、优青、上海市千人等人才计划；

2）主持重大专项、自然基金重大重点等省部级以上重要项目1项；

3）作为主要成员参与重大国际科研项目或计划；

4）发表Nature系列期刊、重点发展学科领域前1%期刊论文1篇及以上；<我室重点发展学科包括：微生物学（Microbiololgy）、生物化学与分子生物学（Biochemistry &  Molecular Biology）、生物工程（Biotechnology）、生物信息学（Bioinformatics）>

5）其他非重点发展学科领域前1%期刊论文2篇及以上；

6）成果获省部级二等奖以上科研奖项；

7）其他重要成果，如省部级以上个人奖项、知名社会奖项等。

自主研究课题相关工作按照《微生物代谢国家重点实验室自主研究重点课题管理办法》执行。